新高考中仍然设置综合卷的原因主要有以下几点：

选拔综合型人才 ：综合试卷的设置初衷是为了选拔具有理科优秀综合类人才。虽然这种方式可能带来一些弊端，如难度较大、一科"缺腿"会导致整体成绩下降等，但它仍然在一定程度上满足了选拔综合型人才的需求。

测试综合素质和能力 ：文综综合了语文、历史和地理三个科目的知识点，能够更好地测试出学生的综合素质和能力。通过综合考试，可以更全面地评估学生在多个学科领域的知识和应用能力，从而更准确地衡量其综合素养。

减轻考试压力和负担 ：综合考试能够减轻学生的考试压力和负担。如果文综分开考，学生需要分别准备和参加三次考试，而综合考试则将这三次考试的内容整合在一起，学生只需参加一次考试，从而减少了考试次数和时间。

促进跨学科学习 ：综合考试能够促进跨学科学习和综合能力的提升。通过文综的综合考试，学生可以在一个考试中进行多个学科的学习和考核，这有助于培养他们的跨学科思维和综合应用能力。

保持高考的权威性和连贯性 ：尽管新高考采用了"3+3"选考制度，取消了原有的文理分科，但理综和文综卷仍然是高考的必考科目之一。设置综合卷可以保持高考的权威性和连贯性，确保所有学生在高考中都有机会展示自己的综合能力和知识水平。

综上所述，新高考中设置综合卷主要是为了选拔综合型人才、测试学生的综合素质和能力、减轻考试压力和负担、促进跨学科学习以及保持高考的权威性和连贯性。尽管这种方式存在一些问题和争议，但它在一定程度上仍然满足了高考的需求和目标。