民办三本院校招生难的原因主要有以下几点：

学费高昂 ：民办三本院校的学费普遍较高，给许多家庭带来经济压力，尤其是当经济形势不佳时，高昂的学费成为考生和家长望而却步的一个重要原因。

教学质量与就业前景 ：部分民办高校在教学质量和就业前景方面与公办高校存在差距，家长和学生更倾向于选择有更好就业保障的院校。

专业设置与社会需求脱节 ：一些民办高校的专业设置未能紧跟市场需求，导致毕业生在就业市场上缺乏竞争力。

社会认可度不高 ：民办高校在社会上的认可度普遍不如公办高校，影响了家长的报考意愿。

“三弃”考生数量增加 ：即高中毕业生放弃高考、志愿填报和入学报到的现象逐年增加，影响了民办高校的生源。

自身问题 ：部分民办高校盲目扩招、教学质量参差不齐，甚至招聘不合格的教师，进一步影响了其社会声誉和吸引力。

公办高校扩招 ：公办高校不断扩大招生规模，为考生提供了更多选择，相对降低了民办高校的吸引力。

学校成立时间段，缺乏完整教学体系和人才培养模式 ：民办三本院校成立时间较短，没有形成完整的教学体系和人才培养模式，缺乏自己的特色专业。

学校声誉较差 ：一些民办高校在社会上声誉较差，毕业生质量不高，签约率低，工作能力较弱，形成恶性循环，导致生源越来越差。

考生对三本的偏见 ：很多考生和家长对三本存在偏见，认为三本院校的教学质量不如公办院校，即使分数线较低，也不愿选择。

综上所述，民办三本院校在招生过程中面临多方面的挑战，包括经济压力、教学质量、专业设置、社会认可度、生源流失、自身问题以及公办高校的竞争等。这些因素共同作用，使得民办三本院校的招生难度不断加大。