南京高考分数相对较低的原因是多方面的，主要包括以下几点：

素质教育与应试教育的矛盾：

南京尝试实施素质教育，但在全国普遍应试教育的大背景下，这一做法并不占优势。素质教育强调培养兴趣爱好，而这些活动并不直接转化为文化课程的高分，导致学生在文化成绩上的提升受限。

学习时间分配不均：

素质教育导致学生花费大量时间培养兴趣爱好，相比之下，应试教育的学生将三年高中时间几乎全部用于学习文化课程，因此在文化成绩上具有优势。

高考难度：

江苏省的高考难度相对较高，且使用的试卷并非全国统一的试卷，而是单独命题，这使得江苏的高考分数线相对较低。

考生数量较少：

虽然江苏省人口众多，但每年参加高考的人数却相对较少。以2020年为例，江苏省拥有8000多万人口，但报名参加高考的人数仅为30多万人，远低于其他人口大省。考生数量少意味着竞争压力小，分数线也会相应降低。

教育资源分配：

江苏省内不同市县的经济实力和文化底蕴存在差异，一些经济实力较强的市县的学生在高考中表现更为突出，而南京在这些市县的学生面前显得相对普通。

高考加分政策：

高考加分政策已经相当严格，南京的素质教育学生无法通过加分来提高高考成绩，这也是导致南京高考分数相对较低的一个原因。

多元化的升学路径：

以南外为例，在小升初的择校时候，就有一大批牛娃被南外录取，初升高的时候再优中选优。南外提供出国和保送路径，很多成绩优异的学生选择保送或者出国，而不是参加高考，这导致参加高考的学生人数相对较少。

人口基数减少：

由于计划生育政策的影响，人口出生率下降，导致未来高考适龄人口数量减少。90后及以后出生的孩子数量相对较少，这是直接影响到高考报考人数的重要因素。

经济发展与高等教育多元化：

随着中国经济的快速发展和高等教育体系的多元化，越来越多的学生和家庭开始重视教育的多样性和实用性。家庭和学生不再仅仅将高考视为唯一的升学途径，而是选择其他方式如出国留学、参加技校单招等。

这些因素共同作用，导致了南京在高考中的表现不如一些其他地区。