北京协和医学院的高考分数相对较低的原因可以归纳为以下几点：

专业设置和招生策略

协和医学院只招收护理学专业，而护理学通常是一个相对冷门的专业，因此其录取分自然不高。

协和医学院的临床医学专业与清华大学合并，八年制，因此首先要达到清华的分数线，这使得临床医学专业的录取门槛较高。

合作与招生改革

协和医学院与清华大学有合作关系，临床医学专业由清华大学统一招生，录取分一般比清华本一批线高几分。

从2018年起，协和医学院增加了一条渠道，从北大、清华、中科大三年级学生中招收一批人转入临床，读3+5博士。

评分体系和排名差异

协和医学院可能更注重临床实践和教学质量，而在以科研产出、论文发表数量和引用率等科研导向的评分体系中，其得分可能相对较低。

在国际合作和交流方面可能不如一些国际知名的医学院校活跃，这可能影响其在全球范围内的评分。

资源分配和历史传统

与其他一些医学院校相比，协和医学院可能在资金投入、设备更新等方面存在差距，这可能影响其在某些评分体系中的表现。

协和医学院的一些传统教学方法和管理模式可能需要更新以适应现代医学教育的需求，这种转变可能需要时间和努力，短期内可能会影响其评分。

社会影响力

尽管协和医学院在国内享有极高的声誉，但在全球范围内，其知名度可能不如一些国际知名的医学院校，这也会影响其评分。

录取标准和人数

协和医学院的录取标准非常高，选拔出的学生通常具有很高的学术潜力和专业素养，这种高标准的录取政策可能导致入学人数有限，从而影响其在某些评分体系中的规模指标。

综上所述，北京协和医学院的高考分数较低主要是由于其专业设置、招生策略、评分体系和排名差异、资源分配、历史传统、社会影响力以及录取标准和人数等多方面的原因。