云南高考本科线低的原因主要有以下几点：

经济发展水平和教育资源匮乏：

云南位于我国西南地区，经济发展水平相对较低，教育资源也较为匮乏。这导致高考考生的整体水平相对较低，从而使得录取分数偏低。

招生政策宽松：

云南的高考招生政策相对较为宽松，对于双非考生和文化程度较低的考生有一定的照顾政策，这也会导致录取分数的降低。

地理位置和交通不便：

云南地理环境复杂，交通不便，学生的学习资源和机会相对较少，这也影响了学生的整体学习水平和高考成绩。

少数民族优惠政策：

云南省有大量的少数民族，国家为了照顾偏远地区的教育，实行了较为宽松的高考录取分数线政策。

试卷难度和竞争激烈：

云南省高考使用的新课标二卷相对于全国卷考察的内容更加细致和深入，难度更大。此外，云南省高考竞争激烈，考生数量多，导致分数线相对较低。

高校数量和招生策略：

云南省内的高校数量较少，且大部分高校对省内招生时是一本二本都有的情况，这使得省内的一本录取线相对较低。

综上所述，云南高考本科线低的原因是多方面的，包括经济发展水平、教育资源、招生政策、地理位置、少数民族优惠政策、试卷难度以及高校数量和招生策略等。要提高云南的一本线，需要从提高教育质量和办学水平、优化招生政策等多方面入手。