选择日语作为高考外语科目的考生在报考专业时可能会面临一些限制，具体如下：

军事、国防类专业：

这些专业通常要求考生具备较高的英语水平，以满足国家安全、机密以及设备操作等方面的需求。例如，国防科技、军事指挥等专业。

英语专业及外贸相关专业：

这些专业的研究和学习重点集中在英语语言、文学和商务英语沟通方面，对考生的英语水平有较高要求。例如，英语语言文学、商务英语、国际经济与贸易等专业。

传媒、国际关系、外交类专业：

这些专业通常涉及国际交流、文化传播等领域，需要考生具备良好的英语沟通能力。例如，广播电视编导、新闻学（国际新闻方向）、国际关系、外交学等专业。

部分医学、法学专业：

这些专业涉及大量的专业术语和国际交流，通常需要考生具备较高的英语水平。例如，临床医学（涉外方向）、法学（国际法方向）等专业。

语种教学限制：

部分高校虽然开设了日语专业，但在课程设置和教学上可能会有一定的限制。例如，一些高校可能会要求日语专业的学生必修英语或其他外语课程，以满足学科交叉和国际化教育的需求。

学习资源限制：

由于中国的日语教育市场相对较小，且部分高校对日语专业的投入不足，因此日语专业的学生在学习资源上可能会受到一定的限制。

就业前景限制：

虽然大部分专业对日语高考没有限制，但部分高校或专业可能会对日语考生的就业前景有特定要求，例如某些学校的英语相关课程是必须的。

高考日语不能选的专业：

军事、国防和公共安全等部分特殊专业对统考外语语种是有限制的，日语考生是不能报这些特殊专业的。

其他语言类专业：

部分学校的外语专业对日语也是有限制的，例如英语（公费师范生）、外国语言文学类（英语）只招收英语语种考生。

中外合作院校和专业：

有的中外合作院校和专业有限制，但为英语教学环境，考生应慎报。

计算机、软件、对外经贸专业：

与英语相关性强的专业，考生应慎报。

部分大学因师资有限：

暂不开始大学日语课程，因此仍需选择学习英语修取学分，应慎报。

综上所述，选择日语作为高考外语科目的考生在报考专业时，主要需要关注军事、国防、英语相关及外贸类专业，以及部分医学、法学专业的限制。此外，还需注意部分高校或专业对日语学习资源和就业前景的特定要求。建议考生在报考前仔细查阅相关高校的《招生章程》，了解具体的限制和要求。