公司最怕员工起诉的案件主要包括以下几类：

拖欠工资及相关福利待遇：

公司普遍害怕员工起诉其拖欠工资、加班费、未缴纳社保等福利待遇，因为这些行为不仅违反《劳动合同法》，还可能涉及法律责任和经济赔偿。

侵犯员工合法利益的行为：

公司与员工之间存在劳动争议时，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对裁决结果不服的可以向有管辖权的法院起诉。公司最怕员工就此类行为提起诉讼，因为这可能导致企业信誉受损，产生法律成本，影响企业的凝聚力和向心力。

违法解除劳动合同：

若公司违反《劳动合同法》解除或终止劳动合同，员工要求继续履行的，公司应当继续履行；不要求继续履行或劳动合同已不能履行的，公司需支付赔偿金。

未签订劳动合同：

用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应向劳动者每月支付二倍的工资。

试用期随意辞退员工：

若公司在试用期内以员工不符合录用条件为由随意辞退员工，员工可以申请仲裁。

劳动局投诉：

公司普遍害怕员工向劳动局投诉拖欠工资等情况，因为这可能导致企业诚信度受损，产生法律成本或不利法律后果，影响企业的凝聚力和向心力。

综上所述，公司在日常运营中应严格遵守相关法律法规，保障员工的合法权益，以减少法律纠纷和经济损失。同时，企业也应加强内部管理和法律培训，提高员工的法律意识和维权能力。