根据现有信息，中国在水下考古领域具有较强实力的高校主要集中在北京、山东、四川等地，部分院校在水下考古专业设置、师资力量或研究方向上具有突出表现。以下是综合整理后的信息：

一、重点高校及特色方向

北京大学

考古学专业国内顶尖，与国家文物局合作紧密，承担重要水下考古理论教学任务，培养了大量专业人才。

厦门大学

拥有国内首个水下考古专业，长期作为水下考古培训基地，毕业生占中国近200名水下考古从业者的三分之一。

四川大学

在宗教考古领域表现突出，水下考古专业结合宗教遗迹保护，形成特色研究方向。

山东大学

考古学专业综合实力强，水下考古研究结合黄河流域文化探索。

西北大学

考古学专业获博士授予权，陕西省重点学科，水下考古研究结合关中文化遗址。

吉林大学

水下考古考研热门选择，学术实力与实践经验结合紧密。

二、其他相关院校

南开大学 ：以古文字与古代文物研究见长，水下考古方向有深入探索。

南京大学 ：考古学专业排名前列，水下考古研究涵盖长江流域文化。

中山大学 ：历史与考古学结合紧密，具备水下考古实践能力。

武汉大学 ：考古学专业发展迅速，参与多个重大水下考古项目。

三、补充说明

水下考古专业设置可能因院校研究重点不同存在差异，部分院校（如北京大学、考古学专业排名靠前的高校）可能未单独设置该专业，但包含在水下考古相关方向中。建议根据个人兴趣、研究方向及地理位置综合选择，并关注院校官网最新动态。