中国目前独立建制的药科大学主要有以下三所，被广泛认可为“南北双药”：

一、中国药科大学

隶属关系 ：教育部直属，国家“211工程”“双一流”建设高校。

历史背景 ：前身为1986年成立的南京药学院，是新中国第一所药学高等学府。

学科实力 ：药学学科为A+，中药学为B+，药理学与毒理学进入ESI全球前1‰。

二、沈阳药科大学

隶属关系 ：辽宁省人民政府直属，辽宁省一流大学重点建设高校。

历史背景 ：前身为1931年创立的中国工农红军卫生学校，是华南地区历史最悠久的药科大学。

学科实力 ：药学与毒理学科进入ESI全球前1‰，拥有国家级重点学科药剂学。

三、广东药科大学

隶属关系 ：广东省人民政府直属，华南地区最早开办现代药学教育的高校。

历史背景 ：前身为1958年成立的广东省卫生干部进修学院，2016年更名为广东药科大学。

学科实力 ：临床医学学科ESI全球前1%，药学学科获评B级。

补充说明

其他争议性院校 ：部分资料提到第四轮学科评估中表现突出的药科大学（如北京协和医学院、上海交通大学医学院），但它们属于医学类高校，不属于药科大学范畴。

独立性认定 ：三所院校均独立承担药学教育，与医学类高校有明确区分。

以上信息综合了多篇来源的权威数据，可作为药科大学选择的参考依据。