清末是中国近代高等教育的开端，涌现出多所具有里程碑意义的大学。以下为综合多个来源整理的主要学府：

一、中央官办高等学府

京师大学堂

成立于1898年，是北京大学前身，中国近代第一所国立大学，标志着中国高等教育的开端。

北洋大学堂

前身为1895年创立的天津北洋西学学堂，是中国第一所近代官办大学，后改名为北洋大学堂，培养了大量军事和外交人才。

南洋公学

1896年创立，最初为培养实业人才，后发展为上海交通大学和西安交通大学前身，是中国历史最悠久的高等学府之一。

二、其他重要学府

自强学堂（武汉大学前身）

由张之洞于1893年创办，1913年发展为国立武昌高等师范学校，1928年定名武汉大学，是湖北地区重要高等学府。

两湖书院与自强学院

两湖书院是清末重要书院，后与学堂合并发展为知名学府；自强学院是李鸿章创办的军事学堂，培养军事人才。

广雅书院与浙江求是学堂

广雅书院是清代重要书院，浙江求是学堂为浙江地区高等教育的奠基。

三、教会大学与特色院校

岭南大学

前身为1888年创立的格致书院，1918年定名岭南大学，是近代中国最早的教会大学之一。

燕京大学与辅仁大学

燕京大学由司徒雷登创办，成为20世纪初中国规模最大的教会大学；辅仁大学由英敛之和马相伯创办，是近代重要私立大学。

四、军事与专业院校

北洋水师学堂与武备学堂

北洋水师学堂是清末海军人才培养基地，武备学堂则侧重军事教育。

福建船政学堂与陆军贵胄学堂

福建船政学堂培养海军人才，陆军贵胄学堂是清末军事军官摇篮。

总结

清末大学以官办为主，中央官办学府如京师大学堂、北洋大学堂具有开创性意义，同时私立书院和教会大学也发挥了重要作用。这些学府的设立推动了中国教育现代化，为后续发展奠定基础。