根据多来源信息，以下是中国毕业难度较大的大学综合排名及原因分析：

一、严格学制与高淘汰率院校

中国科学院大学

每年仅录取300人左右，4年毕业率仅87%，是本科阶段最难毕业的大学之一。

严格学分制度（需累积20分）和严格考勤（连续10个工作日未到校退学）。

中国科学技术大学

本科毕业率约85%，以“严进严出”著称，课程难度大且包含频繁小考（期中、周考等）。

2016年本科毕业率曾低至85%，大量学生需延期毕业。

清华大学

每年约10%学生因挂科退学，综合管理严格，需应对高强度学业（如游泳考试）。

顶尖高校中毕业门槛最高，学霸型学生仍需持续努力。

南京大学

每年200-300名本科生无法毕业，考试监管严格，挂科率居高不下。

采用“严进严出”模式，对学术诚信要求严格。

二、高竞争压力与高强度学习

复旦大学

本科4年毕业率85%-90%，期末考试难度大且无“清考”机会，需应对多门专业课程。

理科专业竞争激烈，需保持优异绩点。

同济大学

毕业率约92%，但录取门槛极高，采用小班化教学，课程设计紧凑。

土木工程等王牌专业对学术能力要求严格。

三、其他高难度院校

上海交通大学 ：近年发展迅速，毕业难度与清华、中科大相当，甚至超过部分985高校。

华中科技大学 ：学风严谨，4年毕业率低于90%，对学习自主性要求高。

总结

以上院校的毕业难度主要源于严格的学制管理、高强度学业要求以及高竞争环境。例如，清华、中科大、南大、复旦等顶尖高校，虽然录取门槛高，但通过自身努力仍有机会毕业；而国科大、同济等特色院校则因学术要求严格而成为毕业难度标杆。