新宿区是东京的重要教育区域，拥有众多高等教育机构，涵盖私立大学、公立大学及短期学校。以下是主要高校的整理：

一、私立大学

早稻田大学

位于新宿区，是日本顶尖私立大学之一，以国际化学术氛围和研究生院项目著称，属于日本私立双雄。

庆应义塾大学

本部在东京都港区，新宿区设有信濃町校区，以商学、法学等学科见长，全球排名第九位。

上智大学

校本部在东京四谷，新宿区有校区，以法学和商学领域闻名。

工学院大学

新宿校区位于西新宿一丁目，专注于工程学科教育。

东京医科大学

新宿校区位于高田马场，是日本著名医学教育机构。

东京女子医科大学

专注于女性健康相关医学教育，位于新宿区。

东京理科大学

神楽坂校区位于新宿区，理工科教育特色突出。

法政大学

市谷校区部分区域位于新宿区，以法学研究著称。

学习院大学

新宿区知名私立大学，以优质教育环境闻名。

二、公立大学

东京大学

虽然主校区在东京都内，但部分学科延伸至新宿区。

东京工业大学

公立研究型大学，部分设施位于新宿区。

中央大学

市谷校区是日本历史最悠久的私立大学之一，法学部实力强劲。

明治大学

千代田校区邻近新宿区，综合实力突出。

三、其他机构

国际基督教大学

新宿区设有校区，强调国际交流与合作。

首都大学东京

公立研究机构，部分项目延伸至新宿区。

四、补充说明

新宿区高校数量众多，以上仅列举主要机构。此外，新宿区还有短期大学、语言学校及专科学校，满足不同教育需求。建议根据具体学科方向选择院校，例如早稻田大学、庆应义塾大学适合国际化需求，东京医科大学、中央大学则侧重专业领域深度。