澳门大学与多个国内外高校和科研机构建立了合作关系，开展了多种合作办学项目。以下是一些主要的合作办学项目：

联合博士研究生课程 ：

中国科学院深圳先进技术研究院 ：生物医药、电脑科学、数学、机电工程、电机及电脑工程、土木工程、应用物理及材料工程、心理学。

中国科学院生物物理研究所 ：生物医药、电机及电脑工程、心理学、教育学（脑认知）。

中国科学院空天信息创新研究院 ：电脑科学、土木工程、机电工程。

中国科学院基础医学与肿瘤研究所 ：生物医药。

中国科学院海洋研究所 ：土木工程。

五邑大学 ：应用物理及材料工程、生物医药。

南方海洋科学与工程广东省实验室（珠海） ：土木工程。

深圳国际量子研究院 ：电机及电脑工程、应用物理及材料工程。

上海大学 ：历史、会计、资讯系统、金融、商业经济、管理、生物医药、应用物理及材料工程。

苏州大学 ：生物医药。

广东省智能科学与技术研究院 ：生物医药、电机及电脑工程、心理学、教育学（脑认知）、电脑科学。

硕士研究生联合培养 ：

南方科技大学 ：与澳门大学联合招收研究生，实行双校培养，双导师指导。该项目基本学制为四年，第1学年及最后论文答辩在澳门大学，其余时间返回南方科技大学完成其余学业及科研任务。授予澳门大学学位证和南方科技大学学习证明。

吉林大学公共卫生学院 ：在学术交流、研究生培养等方面有合作。

中国科学院上海药物研究所 ：与澳门大学中华医药研究院签订联合培养研究生合作协议。

中科院微生物研究所 ：与健康科学学院签署关于成立“健康认知与免疫学重点实验室”合作意向书。

华中师范大学法学院 ：法学院研究生开展学术交流活动。

北京科技大学计算机与通信工程学院 ：唐远炎讲座教授进行学术交流。

本科生联合培养 ：

浙江大学 ：与澳门大学合办“2+4生物医学-临床医学”学士学位课程的人才联合培养项目，毕业生可获澳大的生物医学学士学位及浙大的临床医学学士学位。

复旦大学、华南理工大学、华东师范大学、厦门大学 ：与这些内地多所著名高校合办联合培养计划，涵盖历史、金融、数学教育、生物医学与临床医学、土木工程等领域。

对外经济贸易大学青岛研究院 ：澳门留学预科项目，为准备出国留学的学生提供学术和语言基础。

学生交换项目 ：

澳门基金会 ：与西葡语学院合作开展葡语本科学生交换项目。

澳门行政公职局 ：与校级合作协议，涉及教学、科研、培训等方面。

这些合作办学项目不仅促进了澳门大学与内地及国际高校之间的学术交流和科研合作，也为学生提供了更多的学习和研究机会，提升了他们的综合素质和国际竞争力。