圣迭戈拥有多所知名大学，以下是一些主要的大学：

加利福尼亚大学圣地亚哥分校 （University of California, San Diego, UCSD）：

性质 ：公立研究型大学

成立时间 ：1960年

特点 ：被誉为“公立常春藤”之一，在生物学、海洋科学、地球科学、计算机科学、心理学、政治学、经济学等领域具有世界级学术声望。常年稳居世界前二十，研究拨款总额全美第5。

圣地亚哥州立大学 （San Diego State University, SDSU）：

性质 ：公立大学

成立时间 ：1897年

特点 ：圣地亚哥市最大最古老的大学，也是加州第五大大学。

圣地亚哥大学 （University of San Diego, USD）：

性质 ：私立大学

成立时间 ：1949年

特点 ：隶属天主教会，61%的学生信奉天主教。以商科管理和社会科学等专业见长。

圣地亚哥德孔波斯特拉大学 （Universidade de Santiago de Compostela）：

性质 ：公立大学

成立时间 ：1495年

特点 ：虽然与美国的圣迭戈市同名，但实际上是西班牙一所历史悠久的公立大学。

这些大学在各自的领域内都有显著的学术成就和影响力，是圣迭戈地区高等教育的重要组成部分。