南京大学的历史发展过程中，曾包含多所独立院校，现主要包含以下19所高校（截至2025年）：

南京大学

主体院校，综合类全国重点大学，前身为1902年创立的三江师范学堂，后历经国立东南大学、国立中央大学等阶段，是教育部直属、中央直管副部级建制高校。

东南大学

工科特色鲜明，原为国立东南大学工学院，1952年独立发展为东南大学，涵盖建筑、工程等领域。

河海大学

水利工程领域顶尖高校，前身为国立中央大学水利系，1952年独立。

南京师范大学

师范教育领域标杆，原为国立中央大学师范学院，1952年分设。

南京农业大学

农学与生命科学领域领先，前身为国立中央大学农学系，1952年独立。

第四军医大学

医学领域权威机构，前身为国立中央大学医学院，1952年分设。

中央音乐学院

音乐艺术类顶尖学府，前身为国立中央大学音乐系，1952年独立。

其他独立院校

包括南京林业大学（林学领域）、江苏大学（工科与经济管理）、华东政法大学（法学领域）、上海体育学院（体育类）、北京电影学院（影视类）等。

说明 ：

部分院校如河海大学、南京师范大学等，其前身均与南京大学有直接历史渊源，属于“徒子徒孙”关系。- 上海财经大学、电子科技大学、东南大学医学院等目前独立，但历史可追溯至南京大学时期。- 不同来源对具体划分存在差异，建议以教育部官网信息为准。