温州大学设有多个学院，以下是部分主要院系及其专业设置：

商学院

本科专业：金融工程、国际贸易、工商管理、财务管理、市场营销

硕士学位点：应用经济学一级学科、金融专业、社会主义市场经济理论与实践

法学院

本科专业：法学、行政管理

硕士学位点：法学一级学科、法律专业

马克思主义学院

本科专业：思想政治教育

教育学院（教师教育学院）

本科专业：教育学、学前教育、教育技术学、应用心理学、小学教育

硕士学位点：教育学一级学科、教育硕士、应用心理学专业学位

体育与健康学院

本科专业：体育教育、社会体育指导与管理

硕士学位点：体育教育训练学、体育课程与教学论、体育教育专业硕士

人文学院

本科专业：汉语言文学、广告学、历史学

硕士学位点：中国语言文学和中国史一级学科、课程与教学论学术硕士、学科教学专业硕士、新闻与传播专业硕士

外国语学院

本科专业：英语（师范）、翻译、日语

硕士学位点：学科教学（英语）专业硕士

数理学院

本科专业：数学与应用数学（师范）、物理学（师范）、应用统计学、信息与计算科学

硕士学位点：数学学硕、物理学学硕、应用统计专硕

化学与材料工程学院

本科专业：化学（师范）、应用化学、材料科学与工程、能源化学

硕士学位点：化学一级学科硕士

生命与环境科学学院

本科专业：生物科学、生物技术、环境科学、生物制药、环境工程

机电工程学院

本科专业：机械工程、自动化、机器人工程

电气与电子工程学院

本科专业：电子信息工程、通信工程、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、网络工程、信息管理与信息系统

硕士学位点：电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程

计算机与人工智能学院

本科专业：计算机科学与技术、软件工程、人工智能

硕士学位点：计算机科学与技术、软件工程、控制科学与工程

建筑工程学院

本科专业：土木工程、建筑学、城乡规划

音乐学院

本科专业：音乐学、作曲与作曲技术理论、音乐表演

美术与设计学院

本科专业：美术学、视觉传达设计、环境设计、服装与服饰设计

硕士学位点：美术学、设计学

瓯江学院

本科专业：经济学、法学、工商管理、财务管理、英语、汉语言文学、广告学、历史学、数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、生物技术、环境科学、计算机科学与技术、电子信息工程、通信工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、建筑学、城乡规划、音乐学、作曲与作曲技术理论、音乐表演、视觉传达设计、环境设计、服装与服饰设计

城市学院

本科专业：经济学、法学、工商管理、财务管理、英语、汉语言文学、广告学、历史学、数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、生物技术、环境科学、计算机科学与技术、电子信息工程、通信工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、建筑学、城乡规划、音乐学、作曲与作曲技术理论、音乐表演、视觉传达设计、环境设计、服装与服饰设计

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