自动化专业通常隶属于 自动化系 。自动化专业以系统科学、控制科学、信息科学等新兴横断学科为理论基础，以电工技术、电子技术、传感技术、计算机技术、网络技术等先进技术为主要技术手段，以实现各类运动体的运动控制、各类生产过程的过程控制、各类系统的最优化等跨学科综合性专业。
具体到不同高校，自动化专业的设置可能会有所不同。例如：
清华大学自动化系隶属于信息学院。
浙江大学自动化专业所在学院名为控制科学与工程学院。
北京航空航天大学自动化专业设置在自动化科学与电气工程学院之下。
哈尔滨工业大学将自动化专业划分至航天学院。
此外，有些高校的自动化专业可能还细分为多个专业方向，如电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化等。
综上所述，自动化专业主要隶属于自动化系，具体归属的学院或系别可能因高校而异。
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