明清时期，中国的高等教育体系开始逐渐形成，其中一些重要的大学包括：

京师大学堂 （北京大学前身）：成立于1898年，是中国近代第一所国立大学。

北洋西学学堂（天津大学前身）：成立于1895年，是中国第一所近代大学。

清华学堂（清华大学前身）：成立于1911年，后改名为清华学校，1928年升格为国立清华大学。

震旦学院（复旦大学前身）：由马相伯于1902年创办。

求是书院（浙江大学前身）：由林启于1897年创办。

南洋公学（上海交通大学前身）：成立于1896年，是中国历史最悠久的高等学府之一。

三江师范学堂（南京大学前身）：成立于1902年。

圣约翰大学：

虽然不是中国的本土大学，但它是晚清时期中国著名的教会大学之一。

山西大学堂：

成立于1902年，与京师大学堂、北洋大学堂并称为中国最早的三所大学堂之一。

船政学堂（福建船政学堂）：成立于1866年，是清朝为培养海军人才而设立的学校。

自强学堂（武汉大学前身）：成立于1893年，是湖广总督张之洞请清政府创办的学校。

广雅书院（广州）、 两湖书院（武汉）、 浙江求是学堂等，这些学堂在清末也享有较高的声誉。

这些教育机构在培养人才、推动学术研究和传播知识方面起到了重要作用，为中国的现代化进程奠定了基础。