国内有多所大学与日本大学有合作关系，以下是一些具体的合作大学及其合作院校：

清华大学：

与日本大学有合作关系。

北京大学：

与日本大学有合作关系。

上海外国语大学：

与日本大学有合作关系。

北京外国语大学：

与日本多所知名大学建立了长期合作关系，包括东京大学、京都大学、大阪大学等。

北京第二外国语学院：

与日本庆应义塾大学有合作关系。

北京语言大学：

与日本名古屋大学有合作关系。

电子科技大学：

与日本东北大学有合作关系。

天津科技大学：

与日本大学有合作关系。

东方财经大学日语大学：

与日本大学有合作关系。

农业大学：

与日本大学有合作关系。

北京理工大学：

与日本大学有合作关系。

四川大学：

与日本早稻田大学、立命馆大学、大阪国际教育大学等有合作关系。

东北大学：

与日本东北大学、筑波大学等有合作关系。

丽泽大学：

与日本多所大学有合作关系。

共立女子短期大学：

与日本多所大学有合作关系。

杏林大学：

与日本多所大学有合作关系。

驹泽大学：

与日本多所大学有合作关系。

城西大学：

与日本多所大学有合作关系。

这些合作涵盖了语言学习、文化交流、学术研究等多个领域，具体合作项目包括“中日双学位”项目、语言文化互换项目等。建议有意向的学生和教师可以进一步了解各大学的合作项目和具体细节，以选择最适合自己的合作院校。