日本的皇室大学通常指的是那些与皇室有深厚历史渊源的大学。其中最为著名的便是 学习院大学。学习院大学成立于1847年，位于京都，靠近天皇的住所，最初是为了教育皇族子弟而设立的。它由孝明天皇赐名“学习院”，其课程设置包括5个学部和17个学科，大学院设有6个研究科和20个专攻。

除此之外，虽然通常不被称为皇家大学，但 东京大学和 京都大学在日本历史和文化中占有极其重要的地位，它们经常与皇室和皇族成员有所联系。东京大学成立于1877年，是日本最古老且声望最高的综合性国立大学之一，而京都大学则成立于1897年，是日本历史悠久且享有盛誉的学府。

其他与皇室有联系的私立大学还包括：

国际基督教大学（International Christian University, ICU），位于东京都，创立于1949年，由日本基督教会与美国基督教会合创。学校采用日英双语教学，以小规模教育和高度国际化著称。日本皇室成员真子内亲王、佳子内亲王等曾就读于此。

城西国际大学，位于东京，创立于1992年，致力于培养具有国际视野的人才。学校与全球多所大学有合作关系，接收大量国际留学生。日本皇室成员絢子公主曾就读于此。

这些大学在日本社会中具有极高的知名度，并且与皇室和贵族有着密切的联系。学习院大学尤其以其与皇室的关系和传统而闻名。